Република Србија има успостављен систем овлашћених лабораторија за обављање лабораторијских испитивања и дијагностику заразних болести животиња и испитивање безбедности хране анималног и биљног порекла. Ову мрежу чине ветеринарски научни и специјалистички институти, Институт за хигијену и технологију меса, акредитоване лабораторије Факултета ветеринарске медицине и друге овлашћене лабораторије. Такође у области лабораторијске дијагностике појединих заразних болести животиња и испитивања остатака ветеринарских лекова, пестицида и других штетних материја у храни постоје овлашћене националне референтне лабораторије, које су своју компетентност потврдиле акредитацијом и сталним екстерним проверама квалитета са референтним лабораторијама ЕУ. Ове лабораторије су државног карактера у којима је Република Србија оснивач и власник имовине. Међутим,  због техничких ограничења у смислу опремљености ових лабораторија, није могуће да се за сва лабораторијска испитивања и за све заразне болести животиња обезбеди комплетна лабораторијска дијагностика болести у земљи па се из тих разлога користе референтне лабораторије Европске уније. С тим у вези постоји потреба да се у Дирекцији за националне референтне лабораторије опреми и пусти у рад лабораторија посебног нивоа биолошке сигурности у којој ће моћи да се обавља комплетна лабораторијска дијагностика нарочито опасних заразних болести животиња на безбедан и поуздана начин. Ово је случај и када су у питању поједина лабораторијска испитивања хране и хране за животиње.

У области заштите здравља биља постоје овлашћене лабораторије које обављају рутинска испитивања, међутим нису именоване националне референтне лабораторије. Разлику између послова које обављају овлашћене рутинске лабораторије и референтне лабораторије се огледају пре свега у обиму испитивања и позицији које заузимају ове лабораторије у систему мреже овлашћених лабораторија. Прве обављају рутинска испитивања узорака добијених из службених контрола, обављају већи број испитивања заснованих на примени рутинских метода, спроводе програме мониторинга, скрининге и сличне послове. С друге стране референтне лабораторије спроводе својеврсну супервизију рада овлашћених рутинских лабораторија, обављају потврдна испитивања у случајевима када се у рутинским лабораторијама открију узорци код којих је утврђено присуство недозвољених микроорганизама или је откривено присуство узрочника болести, остварују чврсту сарадњу и размену података са светским и европским референтним лабораторијама, са којима се пореде и код којих доказују своју техничку компетентност за обављање својих испитивања и слично. Референтне лабораторије такође организују екстерне провере техничких компетенција осталих овлашћених рутинских лабораторија путем такозваних ПТ провера, организују обуке и друге послове утврђене законом.

Република Србија нема још увек именоване националне лабораторије за испитивање квалитета млека онако како их Европска уније препознаје. Изградња и формирање националних лабораторија за контролу квалитета млека нису део ИПА пројекта ЕУ и њихова изградња и опремање се финансира из националног буџета Републике Србије. Стицајем околности да се у Комплексу у Дирекцији за националне референтне лабораторије налазе и опремају будуће лабораторије за које Република Србија има интерес да их оформи, између осталих и за микробиолошка испитивања хране, због економичности и повољне локације, ова локација је идентификована као место где би могла да буде лоцирана једна од две лабораторије за испитивање квалитета млека. Треба имати на уму да се ове лабораторије пре свега баве испитивањем квалитета млека због потреба обезбеђивања независног система контроле квалитета за потребе плаћања произвођачима млека.

Параметре које ове лабораторије одређују у млеку су одређивање соматских ћелија у млеку, укупног броја бактерија, суве материје, тачке мржњења, уреје и параметара млека који се користе за потребе селекцијских служби. Напомињемо да Србија у овом тренутку нема националну лабораторију за контролу квалитета млека, посебно не лабораторије које користе најсавременије апарате, али треба нагласити да се испитивања која се у овом тренутку раде, када говоримо о овлашћеним лабораторијама, обављају у државним лабораторијама које су овлашћене од стране министарства и које су акредитоване од стране Акредитационог тела Србије. Ограничавајући фактор су инструменти које имају, односно ове лабораторије користе конвенционалне методе које су поуздане али не дају могућност масовних тестирања у складу са потребама, односно очекиваним бројем узорака. Из тих разлога све развијене земље развијају или су развиле  мрежу за независно прикупљање узорака и испитивање у лабораторијама које су независне, чији је оснивач најчешће држава. Треба нагласити да су све државне лабораторије акредитоване и да користе методе које се налазе у оквиру обима акредитације.